Après avoir obtenu un diplôme d’ingénieur agronome, elle rejoint l’Ifremer pour des recherches sur les pêcheries du Golfe de Gascogne à la Rochelle, de 1980 à 1990.
À la fin de l’année 1987, Isabelle Autissier débute la course au large en participant à la Mini-Transat. Elle remporte la première manche et termine troisième au classement général.
Pendant les années 1990, elle participe à quatre courses autour du monde en solitaire (trois avec escales et une sans escale : le Vendée Globe), devenant la première femme jamais engagée dans ce type d’épreuve. En 1994, elle bat le record New York-San Francisco.
Depuis l’année 2000, Isabelle Autissier collabore comme animatrice à France Inter, tout en continuant à participer à des épreuves en équipages : Tour du monde en équipage, Tour de France à la Voile, Transat AGRR, Route du Café…
De 1999 à 2004, elle participe à des expéditions diverses : traversée à pied des îles Kerguelen, navigation au Groenland, en Géorgie du Sud et aux Tuamotu, en Antarctique et expédition mer/montagne en Alaska.
En 2006, elle part naviguer en Antarctique avec Erik Orsenna, et écrit un livre à deux voix, Salut au Grand Sud. L’année suivante, elle part pour une expédition mer/montagne en Géorgie du Sud avec Lionel Daudet, et écrit avec lui le livre Versant océan.
En 2010, elle repart avec Lionel Daudet pour une expédition en Péninsule Antarctique.
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